Nucleic Acids Research (IF = 11.502) 2021-12-6

弗莱堡大学 Annegret Wilde课题组

核糖核酸酶是细菌RNA代谢和转录后调控过程中的关键酶。蓝藻编码两种必需的核糖核酸酶：RNaseE和RNaseJ。蓝藻RNaseE比其他细菌群的同源物短，缺乏叶绿体特异性的N端延伸和典型的RNaseE的C端结构域。为了研究RNaseE在模式蓝藻Synechocystis sp.PCC 6803中的作用，我们通过引入两个位点特异性突变，I65F和自发发生的V94A，设计了一个温度敏感的RNaseE突变体。这使我们能够在通过温度变化(TIER-seq)短暂失活RNaseE后进行转录组测序，并绘制1472个RNase-E依赖的裂解位点。我们推断在RNA的单链片段中，主要的切割位点包含-3位一个腺苷和一个+2位的一个尿苷。我们从数据中鉴定出了可能受RNaseE，sRNA和潜在的3‘端衍生sRNAs共同调控的mRNA。我们的研究结果证实了RNaseE在转录后调控中的关键作用，并提示了RNaseE和RNaseJ在蓝藻细菌中的冗余或协同作用。 

原文及链接：

Transcriptome-wide in vivo mapping of cleavage sites for the compact cyanobacterial ribonuclease E reveals insights into its function and substrate recognition

https://doi.org/10.1093/nar/gkab1161