Communications biology（IF=4.165）2021/5/25

深圳华大基因 农业基因组学国家重点实验室 刘欢和Sunil Kumar Sahu课题组

小RNA在真核生物中基因表达的转录后调控中起着重要作用。尽管链状植物藻类在进化中具有重要意义，但关于这类绿藻的小RNA的认识几乎不存在。我们利用34种藻类和植物的基因组和转录组数据，对小RNA（miRNA 和siRNA）的生物合成和降解途径进行了全基因组分析。结果表明，在中生代藻类分化后，Viridiplantae开始进化出类似植物的miRNA生物合成和降解。我们确定了链球藻中小RNA代谢的两个主要进化过渡；在第一次转变期间，克雷伯菌科和所有其他链状植物的最后一个共同祖先中DCL-New、DCL1、AGO1/5/10和AGO4/6/9的起源可能与链状植物的非生物胁迫反应和多细胞性进化有关。在第二个转变过程中，DCL 2,3,4和AGO 2,3,7以及DRB1在Zynematophycae和胚胎植物的最后一个共同祖先中的进化表明它们可能对病原体防御和抗菌免疫做出贡献。总的来说，DICER和AGO的起源和多样性以及链状植物藻类中其他几个小RNA途径相关基因表明链状植物藻类在进化到陆上环境的过程中逐渐适应。

原文及链接：Genome-wide analyses across Viridiplantae reveal the origin and diversification of small RNA pathway-related genes

DOI：https://doi.org/10.1038/s42003-021-01933-5