经过曼彻斯特大学

2022年11月22日

A.裸藻是单细胞生物，具有标准的内部细胞器，用于具有一到两个伸出鞭毛的光合生物。裸藻特有的明显形态特征是表膜，一系列位于质膜下的连锁蛋白带。代谢特征的例子包括paramylon、一种β-1，3葡聚糖和可燃蜡酯的生产。B.EIN旨在通过多机构、多国家和多部门的伙伴关系迎接挑战和实现雄心。地球生物基因组计划(EBP)、国际原生生物学会(ISOP)、世界寄生虫学联合会(WFP)、国际藻类学会(IPS)、全球无脊椎动物基因组学联盟、桑格生命树(桑格ToL)、达尔文生命树(DToL)和欧洲参考基因组图谱(ERGA)都被确定为EIN的潜在合作伙伴。信用:生物开放(2022).DOI: 10.1242/bio.059561

今天启动了一项雄心勃勃的计划，在未来十年内对所有已知眼虫物种的基因组进行测序。该倡议背后的科学家网络相信，它有潜力推动从新的生物燃料和可持续食品到癌症药物的一系列突破。

裸藻国际网络(EIN)成立于2020年，是一个由世界各地数百名科学家组成的全球联盟，其共同目标是通过学术界和工业界之间的合作和整合组学来支持裸藻科学。曼彻斯特生物技术研究所所长Rob Field教授是EIN的指导委员会成员，他和他的实验室将成为跨学科科学家网络的一部分，致力于了解和发现800多种眼虫的能力。

EIN今天发表了一份立场文件《生物开放》，概述了共同努力为近1000种已知眼虫物种生成高质量参考基因组的情况。

裸藻是原生生物的一部分，是真核生物不属于动物、植物或真菌类的。这些不同的单细胞生物存在于世界各地极其广泛的生态系统中。

多种眼虫类物种具有转化应用，在生产生物燃料、营养药物、生物修复、癌症治疗，甚至作为机器人设计模拟器方面显示出巨大的前景。他们的极大的潜力由于缺乏高质量的参考基因组，在很大程度上尚未开发。

裸藻基因组提出了一个特殊的测序挑战，因为它们是次级内共生体的一个例子——包含线粒体、叶绿体和来自它们包裹的生物体的遗传物质的残余。

因此，只有不到20个物种通过基因组学进行了任何水平的翻译潜力研究。EIN认为现在是解决这个问题的时候了。

通过生成已知眼虫物种的高质量参考基因组，EIN将致力于:

了解眼虫的基本生物学；

了解眼虫的进化；

· 最大限度地利用眼虫在生态学和环境管理;

· 探索、翻译和商业化眼虫产品。

EIN收集的数据将向公众开放科学界通过欧洲核苷酸档案馆(ENA)。一旦进入ENA，带注释的基因组可以导入Ensembl原生生物等资源，并以统一和公平的方式呈现给研究社区。

菲尔德Field教授对这一领域的兴趣可以追溯到2015年，当时他和他的实验室首次描述了纤细眼虫的意想不到的能力，包括用它来制造一系列糖和其他天然产品。他们接着描述了由眼虫属产生的新型环肽抗真菌剂，这可能被证明对制药工业有用。他们希望与网络的其他成员一起合作，更好地了解800多种眼虫，并开发它们的潜力。

EIN的创始总裁、英国欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)的生物信息学家ThankGod Echezona Ebenezer博士说:“眼虫国际网络将在帮助召集眼虫类专家方面发挥至关重要的作用，以增加我们对眼虫类生物学及其转化应用的了解。这可能有助于加深我们对寄生进化、群居游戏、开发喷气燃料或支持人类太空探索的理解。”

更多信息:感谢上帝Echezona Ebenezer等人，眼虫藻国际网络(EIN):推动眼虫藻生物技术造福于一个充满挑战的世界，生物开放 (2022). DOI: 10.1242/bio.059561

本文转载自微藻博士微信公众号